（一）聊城发展研究院实行理事会领导下的院长负责制。理事会为发展研究院的最高决策机构，理事会单位由聊城市委、市政府、相关政府决策部门、大型企业、行业协会以及从事经济社会发展的企事业单位组成；理事会成员由聊城市各级党委、政府、各相关部门和企事业单位的领导、聊城大学领导、国内外相关领域的知名学者和专家组成。理事会通过选举的方式产生理事长、副理事长和秘书长。理事会负责审议发展研究院的发展目标、发展战略，推选研究院院长。

   （二）发展研究院建立独立的学术委员会，并根据《聊城大学聊城发展研究院学术委员会章程》的规定，负责有关学术评价、学科建设、学风维护和研究任务的分配、完成成果的评估等工作。发展研究院学术委员会委员应是国内外相关领域的专家，由院长提名，报聊城大学学术委员会常委会审核、备案。其人员由发展研究院的专家、校内其他相关专业的专家、校外其他相关领域的专家三部分组成，各占三分之一。发展研究院学术委员会选举产生学术委员会主任、副主任、秘书，由聊城大学校长聘任。

   （三）发展研究院的常设行政机构实行院长负责制。院长由理事会推选，由聊城大学聘任。院长负责研究院的全面工作，并就研究院的学术规划、人才聘任、财务预算等重大事项定期向理事会汇报。聊城大学为院长配备2-4名执行副院长，1名秘书长；研究院下设办公室，办公室设行政人员1人。秘书长负责协助院长实施学术发展规划，执行内部管理制度，负责研究院办公室日常管理等工作；对于重大事项，秘书长向院长汇报；执行副院长负责各分管领域的课题争取、课题组织，研究人员聘任等工作；行政人员负责完成院长、副院长、秘书长安排的各项日常事务性工作，处理办公室日常事务。

   （四）发展研究院下设三个研究单位：经济管理研究中心、区域发展研究中心、综合部。经济管理研究中心主任王志刚，副主任谭成武；区域发展研究中心主任巨荣良，副主任许宗林；综合部主任马中东，三个研究单位分别承担相应的协调功能。其中，经济管理研究中心为企业提供服务；区域发展研究中心为政府提供服务；综合研究部负责基地建设、学术交流、高端培训、综合协调。